La misión de la Contraloría Interna es la fiscalización de los ingresos y egresos del Instituto y que estos se registren conforme a la normatividad aplicable, así mismo verificar y promover que los informes financieros, presupuestarios, programáticos de las cuentas públicas y de avance de gestión se elaboren conforme a las disposiciones correspondientes; establecer mecanismos para prevenir actos de corrupción, que propicien la calidad y fortaleza del Control Interno; ejecutar los Procedimientos de Responsabilidad Administrativa, investigando, calificando dichas faltas, sustanciando y sancionando en su caso. Todo lo anterior para coadyuvar al seguimiento y consecución de los objetivos del Instituto.